WGCNA原理介紹WGCNA原理總結

1.構建基因共表達網絡：首先構建基因共表達網絡，通常利用兩個基因之間的表達模式，計算出它們之間的相關系數建樹方法，然后根據相關系數;

2.識別：在構建基因關系后，我們用閾值來勾畫出那些關系比較密切的基因，我們把密切相關的基因分成一個

3.會與外部信息相關聯：對pair做一些特征分析，包括為其分配特征值建樹方法，對內部基因進行??GO富集以探索其功能

4.研究之間的關系：通過表達模式和模塊功能篩選和比較關鍵生物學問題

5.識別關鍵中的調控基因：分析關鍵的內部基因，包括查看內部注釋基因的功能以及它們的調控水平之間的關系，以確定一些更關鍵的調控基因

構建基因關系網絡

計算基因間的相關性 無標度網絡（冪指數函數符合生物學意義） 確定關鍵參數β 計算基因間的表達關系（間接關系）

TOM公式中計算基因i和j的關系，不僅考慮i和j的直接關系，還要考慮第三個基因u的間接關系

構建基因模塊

在Tom值的基礎上，采用動態建樹的方法構建基因模塊

層次聚類建樹過程參數篩選基因模塊方法一：表達模式分析——分析所有樣本中各模塊的表達模式方法二：表型關聯分析——分析基因模塊與表型數據的關系（計算兩者的相關系數） 方法三：富集分析——模塊中基因的GO和KEGG功能富集分析 方法四：靶基因——根據感興趣的靶基因篩選其所在模塊 方法一：模塊特征值表達模式分析

方法2：模塊與表型性狀的關聯分析方法3：模塊化基因功能富集分析方法4：基于靶基因篩選模塊識別關鍵基因基因分析方法3：靶基因關聯分析方法1：模塊內基因連通性分析篩選關鍵基因：

【1】

方法二：特定功能（類型）基因分析方法三：靶基因關聯分析